Положение о КТПБ было утверждено заместителем наркома ВД СССР Чернышевым и согласовано с начальником отдела по надзору за местами заключения Прокуратуры СССР Дьяконовым.
В КТПБ содержались две категории заключенных: «душевнобольные, совершившие государственные преступления, содержавшиеся под стражей и направленные на принудительное лечение в соединении с изоляцией по определению суда или по постановлению Особого совещания при НКВД СССР» и «душевнобольные заключенные, осужденные за совершение государственных преступлений, душевное заболевание которых началось в тюрьме в период отбывания срока наказания по приговору суда или постановлению Особого совещания при НКВД СССР».
Основанием для помещения душевнобольного заключенного в больницу служили или копия определения суда о направлении на принудительное лечение в соединении с изоляцией, или выписка из протокола Особого совещания при НКВД СССР о направлении на принудительное лечение в соединении с изоляцией. К ним прилагалась заверенная копия акта психиатрической экспертизы, установившей наличие душевной болезни.
Предусматривалось, что душевнобольной через каждые шесть месяцев должен был подвергаться переосвидетельствованию Центральной врачебной экспертной комиссией тюремного управления НКВД СССР «для определения возможности прекращения принудительного лечения в соединении с изоляцией вследствие выздоровления или неизлечимости заболевания».
Окончательный вердикт о прекращении принудительного лечения выносился определением суда или постановлением Особого совещания при НКВД СССР, направивших душевнобольных на лечение. Начальник больницы получал от них указание о направлении освобожденного от принудительного лечения или в распоряжение следственного органа, если уголовное преследование в отношении его не было прекращено, или в психиатрическую больницу органов здравоохранения в случае признания заключенного неизлечимо больным.
Если заключенный умирал, труп родственникам не выдавался и они получали только извещение о смерти в соответствующем отделе актов гражданского состояния по месту жительства заключенного до ареста.
Душевнобольные заключенные не имели права безнадзорного выхода в коридоры, другие комнаты и помещения больницы; ограничивалось их право на переписку с родственниками.
Заключенным не возбранялось подавать заявления и жалобы в высокие советские и партийные органы, но только тем, кто был признан выздоровевшим.