В Омске, в 1920 году, был обвинителем на процессе министров адмирала Колчака. Затем его вызвали снова в Москву для налаживания работы в Малом Совнаркоме. В это время он постоянно встречался с В. Лениным; таких встреч за два года совместной работы было более пятисот. Жаль, что Гойхбарг не оставил воспоминаний о неординарной личности вождя пролетариата.
В кабинете Ленина в Кремле на столе рядом с программой РКП(б) лежал экземпляр брошюры «Исполняйте законы Советской республики», написанной Гойхбаргом по просьбе вождя. Она Ленину так понравилась, что он вручал ее каждому посещавшему его ходоку из провинции.
Гойхбарг был учредителем в 1918 году Социалистической академии общественных наук и состоял в ней наряду со Сталиным и Молотовым. Ему принадлежит авторство первого Гражданского кодекса РСФСР, действовавшего в стране несколько десятков лет.
В 30-е годы, не будучи посвящен высшим руководством страны в тайные экономические и политические связи СССР с Германией, всячески препятствовал, работая в Наркомвнешторге, выплате Германии громадных сумм денег. Его протесты по расчетам с фирмами Вольфа, Форда, германским правительством рассматривались на Политбюро, лицемерно признавались правильными, и простодушный Гойхбарг твердо был уверен в том, что сумел сберечь для советской казны сотни миллионов золотых рублей. В 1943–1945 годах по особым заданиям советского правительства выполнял многие конфиденциальные поручения.
В 1947 году написал 1-й том «Курса международного права», принятый к изданию по указанию А. Жданова. И тут к нему подобралась беда с Лубянки, 5-е управление МГБ СССР состряпало постановление, в котором указывалось, что, по имеющимся в распоряжении органов материалам, ученый «резко враждебно настроен к существующему в СССР строю», что «на протяжении многих лет вел и ведет среди окружающих антисоветскую агитацию, клеветнически утверждает, что в стране царит гнет и насилие, что наука в стране в загоне и всякая новая мысль преследуется, допускает злобные высказывания по адресу руководитепей партии и советского правительства».
В постановлении на арест есть такая примечательная фраза:
«Принимая во внимание, что Гойхбарг с мая 1947 г.