Несомненны его заслуги в разгроме немецко-фашистских захватчиков в период Великой Отечественной войны. Недаром после его ареста 21 июля 1953 года и во время пребывания в местах заключения за помилование и оправдание Судоплатова постоянно выступали его коллеги по смелым боевым операциям против немцев. Но велики были и его преступления против собственного народа, хотя можно предположить, что он усердно и с выдумкой исполнял директивы высшего руководства страны и, в частности, указания своего непосредственного шефа — Л. Берия.
1953 год завершился личной трагедией верхушки органов государственной безопасности, виновной в бесчисленных кровавых репрессиях против миллионов советских и иностранных граждан. Были расстреляны Берия, Абакумов, Гоглидзе и многие другие. Под «горячую руку» мог попасть и П. Судоплатов. Полагаем, что в недрах некоторых кругов государственной власти созрел план увода немало сделавшего для разгрома немецкой военной машины чекиста от возможной «вышки». Для этого Судоплатов должен был во время следствия разыграть состояние душевного разлада В этот план были посвящены только «свои» люди. Специалисты Института им. Сербского на пушечный выстрел не были допущены к этому щепетильному делу, хотя и похвалялись тесными связями с органами безопасности.
Наблюдение и «лечение» Судоплатова было проведено стационарно в отделении судебно-психиатрической экспертизы Ленинградской тюремной психиатрической больницы МВД СССР с 7 мая 1955 года по 17 января 1957 года согласно предписанию начальника тюремного отдела МВД СССР полковника Буланова по указанию Генерального прокурора страны — легендарного Руденко.
Павел Анатольевич во время следствия стал себя неправильно вести (в акте — «в связи с неправильностями поведения»), за что незамедлительно был подвергнут освидетельствованию комиссией психиатров. Случилось это 3 декабря 1954 года в Бутырской тюрьме.
Вот что засвидетельствовала тогда комиссия санчасти тюрьмы: «Судоплатов П. А. обнаруживает признаки легкого реактивного состояния, с чертами установочного поведения, в отношении инкриминируемых ему деяний — «вменяем».