"Он был великим ученым, да, единственным истинным ученым в древней Церкви", - говорит о нем Гарнак. В противоположность Тертуллиану Ориген не замыкался от влияния гностицизма, - напротив, он даже ввел его, правда в смягченной форме, в лоно Церкви - по крайней мере таково было его стремление. Можно даже сказать, что по своему мышлению и своим основным воззрениям он и сам был христианским гностиком. Его позицию по отношению к вере и знанию Гарнак определяет следующими психологически многозначительными словами: "Библия одинаково нужна как тем, так и другим: верующим она дает необходимые им факты и заповеди, а люди науки разбирают идеи, заключающиеся в ней, и черпают из нее силу, возносящую их до лицезрения Бога и до любви к Нему; благодаря духовному толкованию (аллегорическому объяснению, герменевтике) материальное вещество растворяется и претворяется в космосе идей, благодаря "восхождению" оно постепенно преодолевается и оставляется позади как пройденный этап; наконец, тварь Божия - исшедший от Бога дух - возвращается к своему начал)' и достигает блаженного покоя, погружения в Божество (amor et visio)".
Богословие Оригена, в отличие от богословия Тертуллиана, было по существу философским и, можно сказать, вполне укладывалось в рамки философии неоплатонизма. В Оригене мы видим мирное и гармоничное слияние и взаимопроникновение двух сфер: греческой философии и гностицизма, с одной стороны, и мира христианских идей - с другой. Но такая широкая и глубокая терпимость и справедливость навлекли на Оригена преследование и осуждение со стороны Церкви. Правда, конечный приговор был вынесен лишь после его смерти, наступившей от последствий истязания и пытки, которым Ориген, будучи уже старцем, подвергся во время гонения на христиан при Деции. В 399 году папа Анастасий I всенародно предал его анафеме, а в 543 году его лжеучение было проклято Всецерковным собором, созванным Юстинианом, и это проклятие было закреплено приговорами позднейших церковных соборов.